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Core Facility "Analyse"

In der CF Facility Analyse wurden die DNA-Sequenzierung, die Microarray-Analysen, die ESR-Spektroskopie sowie weitere Analysemöglichkeiten zusammengefasst. Für die zentrale DNA-Sequenzierung wurde der vorhandene 16-Kanal ABI Prism 3100 Genetic Analyser (Applied Biosystems) 2010 zum 3130-XL Analyser aufgerüstet. Mit diesem Gerät werden im Schnitt der letzten drei Jahre weit über 10.000 Sequenzierungen pro Jahr durchgeführt.

Die Anforderungen stammen sowohl aus dem diagnostischen Bereich (Immunologie, Humangenetik, Pathologie, Neurologie) als auch aus den Forschungslaboratorien. Nach Eingang der Proben liegen die ausgewerteten Sequenzen in der Regel nach 24 Stunden (Diagnostik) bzw. 48 Stunden (Forschung) vor. In der Microarray Einheit stehen für Affymetrix Arrays (vor allem Gene-Arrays und Exon-Arrays) ein Affymetrix GeneChip Scanners 3000 und die dazugehörige Affymetrix GeneChip Fluidics Station 450 bzw. für alternative Glasarrays (vor allem miRNA Arrays von Excicon) ein Axon Genepix Professional Scanner 4200A und eine a-Hyb Hybridisierungsstation (Milteny) zur Verfügung.

Diese Einheit wird von einem Naturwissenschaftler betrieben. Die biostatistischen Auswertungen werden von einem Mathematiker intern bzw. fakultätsübergreifend in Kooperation mit dem Institut für Informatik (NatFak III: Bioinformatik und Mustererkennung: Prof. Große / Prof. Posch / Prof. Schreiber) durchgeführt. Hierfür stehen die Partek® Genomics Suite™ sowie die Gene Pix Pro Microarray Image Analysis Software zur Verfügung. Mit Hilfe der ESR-Spektroskopie (MS400 Magnettech) werden gängige Sauerstoffradikale (ROS) analysiert und quantifiziert.

Zu den weiteren zentralen Geräte in dieser CF zählen der 2100 Bioanalyser (Agilent) zum Nachweis der RNA Integrität, der Infinite M200 Nanoquant (Tecan) zur Quantifizierung von Makromolekülenm in µl Volumina sowie ein Chemolumineszenz Geldokumentationsgerät (LAS 4000, GE-Healthcare). Ein solches wurde ebenfalls am Standort Magdeburger Str. 2 bereitgestellt. Daneben steht dort ein 7900 Fast Real-Time PCR-System von Applied Biosystems zur Verfügung.

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Kontakt (ZMG)

Leiter des ZMG

Prof. Dr. Andreas Simm

Sekretariat:

Daniela Müller
Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg
Medizinische Fakultät
Zentrum für Medizinische Grundlagenforschung
Ernst-Grube-Str. 40
06120 Halle (Saale) 

Telefon: (0345) 557 5225
Telefax: (0345) 557 5224
e-mail: zmg(at)medizin.uni-halle.de