Die Verwaltung wird durch die Kaufmännische Direktion (KD) verantwortlich geleitet. Der Aufbau der Verwaltung und die Erfüllung der Aufgaben obliegen dem Kaufmännischen Direktor. Als Teil des Klinikumsvorstands verantwortet die KD verschiedene Einrichtungen und Bereiche der Universitätsmedizin Halle (zur Übersicht).