Auswertung von:

• Transkriptomanalyse mittels RNA-seq (mRNA, lncRNA, medium-sized RNA, smallRNA)
• Translationskontrolle mittels Ribo-seq
• Bindunganalysen mittels ChIP- und CLIP-seq 
• Genomanalyse mittels Whole Genome-seq oder Exom-seq
• Oxford Nanopore DNA-/RNA-Seq-Daten

Primäre Analyse

• Qualitätskontrolle der Rohdaten
• Entfernen der Adaptersequenzen und Qualitätstrimming
• Mapping (Zuordnung der Reads zu bekannten Referenzgenomen)
• Annotation (Zuordnung gemappter Reads zu bekannten Genen)
• Bestimmung der Readcoverage
• Normalisierung (bzgl. RNA-Komposition, Transkriptlänge, differentieller Expression etc.)

Sekundäre Analyse

• Bestimmung differentiell exprimierter Gene
• Korrelation von mRNA zu miRNA Expression (inkl. Targetanalysen)
• Bestimmung der Expression alternativer Isoformen (z.B. aufgrund Alternativen Splicings)
• Quantifizierung der Translationseffizienz (Ribo-seq)
• Auswertung von Bindungsprofilen (ChIP- und CLIP-seq)
• Bestimmung von Effektor-Pathways mittels gene annotation enrichment analysis (GAEA) und gene set enrichment analysis (GSEA)
• Metagenanalysen, Einbeziehung "öffentlicher Daten" (z. B. TCGA) und weiterführende Analysen auf Anfrage

Nanopore Sequenzierung

• Unterstützung für Oxford Nanopore Sequenzierung
• Optional Library Preparation (barcoded)
• Auswertung 

Entgeltliste

Entgeltliste zur Auswertung und für weiterführende Analysen von NGS-Daten auf bekannten Genomen.

  ¹ Pro begonnener Abrechnungseinheit.

Aufbewahrung der Daten für 3 Monate.

Kontakt: Danny Misiak, Markus Glaß

Publikationen

Müller S, Glaß M, Singh AK, Haase J, Bley N, Fuchs T, Lederer M, Dahl A, Huang H, Chen J, Posern G, Hüttelmaier S. IGF2BP1 promotes SRF-dependent transcription in cancer in a m6A- and miRNA-dependent manner. Nucleic Acids Res. 2018 Oct 29. doi: 10.1093/nar/gky1012. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 30371874.  

Minocha R, Popova V, Kopytova D, Misiak D, Hüttelmaier S, Georgieva S, Sträßer K. Mud2 functions in transcription by recruiting the Prp19 and TREX complexes to transcribed genes. Nucleic Acids Research, gky640, https://doi.org/10.1093/nar/gky640.

Müller S, Bley N, Glaß M, Busch B, Rousseau V, Misiak D, Fuchs T, Lederer M, Hüttelmaier S. IGF2BP1 enhances an aggressive tumor cell phenotype by impairing miRNA-directed downregulation of oncogenic factors. Nucleic Acids Res. 2018 Jul 6;46(12):6285-6303. doi: 10.1093/nar/gky229. PubMed PMID: 29660014.

Zhou F, Liu Y, Rohde C, Pauli C, Gerloff D, Köhn M, Misiak D, Bäumer N, Cui C, Göllner S, Oellerich T, Serve H, Garcia-Cuellar MP, Slany R, Maciejewski JP, Przychodzen B, Seliger B, Klein HU, Bartenhagen C, Berdel WE, Dugas M, Taketo MM, Farouq D, Schwartz S, Regev A, Hébert J, Sauvageau G, Pabst C, Hüttelmaier S, Müller-Tidow C. AML1-ETO requires enhanced C/D box snoRNA/RNP formation to induce self-renewal and leukaemia. Nat Cell Biol. 2017 Jul;19(7):844-855. doi: 10.1038/ncb3563. Epub 2017 Jun 26. PubMed PMID: 28650479.

Busch B, Bley N, Müller S, Glaß M, Misiak D, Lederer M, Vetter M, Strauß HG, Thomssen C, Hüttelmaier S. The oncogenic triangle of HMGA2, LIN28B and IGF2BP1 antagonizes tumor-suppressive actions of the let-7 family. Nucleic Acids Res. 2016 Feb 24. pii: gkw099. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 26917013.

Köhn M, Ihling C, Sinz A, Krohn K, Hüttelmaier S. The Y3** ncRNA promotes the 3' end processing of histone mRNAs. Genes Dev. 2015 Oct 1;29(19):1998-2003. doi: 10.1101/gad.266486.115. PubMed PMID: 26443846; PubMed Central PMCID: PMC4604341.

Braun J, Misiak D, Busch B, Krohn K, Hüttelmaier S. Rapid identification of regulatory microRNAs by miTRAP (miRNA trapping by RNA in vitro affinity purification). Nucleic Acids Res. 2014 Apr 1;42(8):e66. doi: 10.1093/nar/gku127. Epub 2014 Feb 7. PubMed PMID: 24510096; PubMed Central PMCID: PMC4005655.

Charles-Tanford Proteinzentrum
Kurt-Mothes-Str. 3A
06120 Halle

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Ansprechpartner:
Dr. Markus Glaß
Dr. Danny Misiak

Büro: 1.13.0
E-Mail: cfi(at)medizin.uni-halle.de 
Tel.: +49-345-557 3962

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