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Interfakultäre Core Facility Deep Sequencing

Leitung Prof. Katrin Hoffmann, Institut für Humangenetik & Prof. Ivo Grosse, Institut für Informatik

 

Anwendungsgebiete

Die Deep Sequencing Technologie ist der aktuelle Standard in der Hochdurchsatz- Sequenzierung. Damit können Projekte realisiert werden, die eine effiziente und kostengünstige Sequenzierung mehrerer Millionen Reads auf DNA- oder RNA-Ebene voraussetzen. Ebenso ist die schnelle und ökonomische Sequenzierung vieler Patientenproben möglich. 

Anwendungen umfassen u.a. die Exomsequenzierung, Pathway-Analysen, Multiplex-Amplikon-Sequenzierung, Komplettgenomsequenzierung, Identifizierung von SNPs und Mutationen in größeren Patientengruppen, Transcriptom-Analysen, Genregulation, RNA-editing, ChIP-Seq, Methylierungsanalysen, Mutations- sowie Bruchpunktidentifikation bei Tumoraberrationen und Metagenomics. 

Die Realisierung solcher Projekte mit strukturierter Einbindung der bioinformatischen Auswertung ist für die  Forschung, aber auch für die universitäre Ausbildung essentiell. Weiterhin ermöglicht diese Technologie die Umsetzung translationaler Projekte für die medizinische Diagnostik und personalisierte Medizin. 

 

Aufbau und Funktion der Core facility „Deep Sequencing“

 

Die Core Facility „Deep Sequencing“ bietet den Nutzern eine kompetente Betreuung von der Planung über die experimentelle Durchführung bis hin zur Unterstützung bei der interdisziplinären Datenanalyse an.  

 

 

Ansprechpartner

Martin Porsch (ab 1.7.2014, Dokt. Informatik)

(Kerstin Körber-Ferl, TA Institut für Humangenetik)

 

 

Weitere Angebote CFI

 

 

Verantwortlich für den Gerätebetrieb ist die Medizinische Fakultät der Universität Halle.