Der NextSeq 1000 von Illumina bietet diverse Anwendungsmöglichkeiten zur Hochdurchsatz DNA- und RNA-Sequenzierung.

Weitere Informationen finden Sie auf den Seiten der Core Facility Imaging (CFI).

 

  • Transkriptomanalyse mittels RNA-seq (mRNA, lncRNA, medium-sized RNA, smallRNA)
  • Translationskontrolle mittels Ribo-seq
  • Bindungsanalysen mittels ChIP- und CLIP-seq 
  • Genomanalyse mittels Whole Genome-seq oder Exom-seq
  • Oxford Nanopore DNA-/RNA-Seq-Daten
  • Qualitätskontrolle der Rohdaten
  • Entfernen der Adaptersequenzen und Qualitätstrimming
  • Mapping (Zuordnung der Reads zu bekannten Referenzgenomen)
  • Annotation (Zuordnung gemappter Reads zu bekannten Genen)
  • Bestimmung der Readcoverage
  • Normalisierung (bzgl. RNA-Komposition, Transkriptlänge, differentieller Expression etc.)
  • Bestimmung differentiell exprimierter Gene
  • Korrelation von mRNA zu miRNA Expression (inkl. Targetanalysen)
  • Bestimmung der Expression alternativer Isoformen (z.B. aufgrund Alternativen Splicings)
  • Quantifizierung der Translationseffizienz (Ribo-seq)
  • Auswertung von Bindungsprofilen (ChIP- und CLIP-seq)
  • Bestimmung von Effektor-Pathways mittels gene annotation enrichment analysis (GAEA) und gene set enrichment analysis (GSEA)
  • MetagenanalysenEinbeziehung "öffentlicher Daten" (z. B. TCGA) und weiterführende Analysen auf Anfrage
  • Unterstützung für Oxford Nanopore Sequenzierung
  • Optional Library Preparation (barcoded)
  • Auswertung 

Entgeltliste zur Auswertung und für weiterführende Analysen von NGS-Daten auf bekannten Genomen.

 

Leistung Med. Fak. MLU (nicht Med. Fak) Abrechnungseinheit (AE)
     
Beratungsgespräch 30€ 50€ pro Gespräch
Qualitätskontrolle small RNA (RIN) 55€ 70€ pro Chip (max. 11 Proben/Chip)
Qualitätskontrolle RNA (RIN) 40€ 50€ pro Chip (11-12 Proben/Chip)
Primäre Analyse 10€ 20€ pro 20 Mio. Reads¹
Sekundäre Analyse 25€ 30€ pro Analyse

 

 ¹ Pro begonnener Abrechnungseinheit.

Aufbewahrung der Daten für 3 Monate.